Cuestión a determinar: «(…) si, en una situación como la del presente litigio, el cómputo del plazo de prescripción del derecho de la Administración a determinar la deuda tributaria mediante la oportuna liquidación se inicia el día en que termina el plazo reglamentario para presentar la autoliquidación del ejercicio en el que se aplicó la exención o aquel en que finaliza el plazo para presentar la autoliquidación correspondiente al ejercicio en que se produjo el incumplimiento, plazo en el que debe ser presentada la declaración complementaria del ejercicio durante el que se obtuvo la ganancia patrimonial finalmente no reinvertida […]».
Se establece la doctrina siguiente: “Pues bien, la doctrina que establecemos es que el dies a quo del plazo de prescripción comienza desde la constancia fehaciente del incumplimiento del plazo de dos años, esto es, desde la primera de estas dos fechas: o bien desde la recepción de la autoliquidación complementaria de regularización a que se refiere el art. 39.3 RIRPF (RCL 2007, 664) , si es presentada por el contribuyente, lo que no tuvo a bien realizar la Sra. Olga; bien desde la presentación de la autoliquidación correspondiente al ejercicio de tal incumplimiento -2008-, si este día es posterior al antes señalado o en los casos en los que no se ha producido ninguna regularización -como aquí ha sucedido-, según establece igualmente el precepto reglamentario, porque la Administración, antes de agotarse el plazo de reinversión, no tiene posibilidad legal ni material de acometer la comprobación, que sería prematura, sobre si tal condición de reinversión ha sido o no cumplida, en el plazo, en el importe o en la finalidad.
Expresado con otras palabras, para imputar al ejercicio 2006 la parte de la ganancia patrimonial que estaba exenta sub condictione y que tras finalizar el plazo ya no lo está, la Administración tiene que saber que el plazo se ha incumplido, requisito necesario para comprobar la exención por reinversión”.